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La Secretaría del Interior tiene como misión adoptar e implementar en el Departamento del Tolima, las políticas públicas diseñadas para el Sistema Administrativo del Interior, así como regular las relaciones políticas, para garantizar la convivencia armónica y pacífica de los tolimenses, el fortalecimiento del ejercicio de la democracia, la promoción y fortalecimiento de los espacios de participación ciudadana, que posibiliten el crecimiento institucional y el desarrollo integral de los territorios del Departamento, el apoyo y fortalecimiento de la acción comunal a partir del análisis y estudio de los fenómenos políticos y sociales así como el apoyo y cooperación de los diferentes actores institucionales en ésta materia. Igualmente desarrolla mecanismos tendientes a garantizar la aplicación y el respeto a los derechos humanos y el Derecho Internacional Humanitario y atiende el orden público y la aplicación efectiva de los principios deberes y derechos constitucionales en la jurisdicción departamental, en materia de justicia y paz.
 
Dentro de sus principales funciones se encuentran:
Adoptar e implementar en el Departamento las Políticas Públicas nacionales diseñadas para el Sistema Administrativo del Interior.
Adoptar e implementar de conformidad con la ley, las políticas públicas de protección, promoción, respeto y garantía de los Derechos Humanos, en coordinación con las demás entidades competentes, así como la prevención a las violaciones de éstos y la observancia al Derecho Internacional Humanitario, con un enfoque integral, diferencial y social.
Apoyar la atención integral a los grupos de población vulnerable mediante la aplicación de estrategias de acción coherentes con las necesidades y población objetivo.
Coordinar las relaciones del Gobierno Departamental con las fuerzas militares de policía y organismos de seguridad del estado, para que la Secretaría cumpla con la función de garantizar la tranquilidad, seguridad y convivencia ciudadana.