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La Secretaría de Salud tiene como misión el dirigir, coordinar, evaluar y controlar el Sistema General de Seguridad Social en Salud; planear y ejecutar proyectos en la jurisdicción Departamental, en cumplimiento de las responsabilidades territoriales consignadas en la Constitución Política, la Ley y los demás reglamentos sectoriales, con el objeto de garantizar los derechos en materia de salud a la población tolimense, con criterios de equidad, solidaridad y ética.
 
Dentro de sus principales funciones se encuentran:
Ejercer la dirección de las acciones de salud en el Departamento, ejecutando y adoptando las políticas y normas científico-técnico-administrativas trazadas por el Ministerio de Salud y Protección Social.
Coordinar la programación para la distribución de los recursos del sector salud a nivel departamental y gestionar la consecución de los mismos.
Dirigir, conocer e interpretar los resultados del diagnóstico y pronóstico del estado de salud de la población del Departamento y de las diferentes localidades del área de influencia, y los planes de salud respectivo, acorde con las políticas y estrategias de salud.
Promover y coordinar la prestación de asistencia técnica, administrativa y financiera a los entes territoriales y a entidades públicas que prestan servicios de salud y a la vez, realizar el seguimiento y evaluación de estas acciones.
Fomentar las actividades científicas del sector y propiciar las investigaciones que propendan por elevar el nivel de salud de los habitantes del departamento.
Coordinar las acciones en salud frente a las emergencias y desastres, asesorando a los municipios e instituciones integrantes del sistema de prevención de desastres