La Secretaria de Desarrollo Agropecuario y Seguridad Alimentaria tiene como misión promover las fuerzas productivas del sector primario del Departamento con el objeto de procurar el bienestar de la comunidad mediante el aprovechamiento de sus ventajas comparativas. En tal sentido orientará las fuerzas productivas hacia la transformación de insumos y explotación racional de los recursos agropecuarios y su adecuada comercialización, orientando, cofinanciando y coordinando su desarrollo en concordancia con los programas y proyectos previstos por el Plan de Desarrollo, mediante la coordinación institucional. 
De igual manera debe velar por el desarrollo sostenible del Departamento y la implementación de políticas medio ambientales con criterios de sostenibilidad y equidad. Promover la creación, desarrollo y fortalecimiento de las Unidades Municipales de Asistencia Técnica (UMATA), por medio de actividades que fortalezcan su capacidad técnica y de gestión para beneficio de los municipios del departamento y del sector agropecuario y pesquero en particular.
 
Dentro de sus principales funciones se encuentran:
Promover la capacitación y organización de las comunidades para la ejecución de programas y proyectos de desarrollo rural.
Definir y divulgar políticas de oferta institucional para el desarrollo del sector agropecuario, rural y agroindustrial, así como de las estrategias, planes y programas formulados en el Plan de Desarrollo del Departamento.
Promover el desarrollo de los Centros Provinciales de Gestión Agroempresarial (CPGA) y/o quien haga sus veces, apoyar programas de capacitación y asistencia técnica, para su mejoramiento y fortalecimiento.
Impulsar el desarrollo y eslabonamiento de las cadenas productivas en que participa el sector agropecuario del Departamento, para integrar y fortalecer sus actores, promoviendo la producción, transformación, consecución y sostenimiento en nuevos mercados.